Le but de ce projet est de déterminer l'emplacement de chaque noyau dans une tranche fine de cerveau. Pour y parvenir, les biologistes préparent ces tranches et les marquent avec des colorants fluorescents spécifiques aux noyaux. Ils examinent ensuite ces préparations avec un microscope confocal qui leur fournit des piles d'images (deux dimensions latérales et une dimension de profondeur). Malheureusement, ces images sont imparfaites, ne serait-ce qu'en raison de la diffraction de la lumière et du bruit électronique. Il est donc parfois difficile de précisément discerner les contours du noyau de chaque cellule. Deux noyaux trop proches peuvent ainsi paraître à tort être imbriqués l'un dans l'autre.

Pour résoudre ce problème, l'étudiant étendra à trois dimensions un outil de recherche de contraste maximum qui n'existe à ce jour qu'en deux dimensions. L'outil 2D se nomme snakuscule et détecte des disques clairs sertis dans un anneau sombre. L'outil 3D à développer (le balloonuscule) détectera des sphères claires cernées d'une coquille sombre.

Prérequis: cours de traitement d'images