Ce projet de semestre a été réalisé en collaboration avec le Laboratoire de Biomécanique Osseuse (LBOS) du Département de Génie Mécanique (DGM). Le but était de caractériser les porosités d'échantillon d'os à partir d'images réalisées par tomographie 3D de ces échantillons, pour permettre au LBOS d'analyser les liens entre les caractéristiques macroscopiques et les porosités des échantillons. L'image ci-dessous représente deux coupes de l'os selon les axes x-y et x-z.

Travail

Le projet de semestre a conduit à la création d'un plugin imageJ pour le LBOS permettant d'extraire une liste des porosités et de leurs caractéristiques à partir des images tridimensionnelles de l'os. Le plugin utilise les moments d'inertie tridimensionnels des porosités pour les approximer par des ellipsoïdes. Un traitement spécial des données a du être utilisé pour ce plugin à cause de la grande taille des images (1 Go).

Résultats extraits

Les résultats extraits sont : le numéro de la porosité, son volume, les coordonnées de son centre de gravité, la grandeur des demi axes et l'orientation de l'ellipsoïde d'approximation et un paramètre de qualité de cette approximation. Voici un exemple de résultats.

cellule n°	volume	Xg	Yg	Zg	Axe1	Axe2	Axe3	Angle1	Angle2	Erreur Fitting %
1	694	352.259366	353.2925072	6.292507205	10.8802826	5.161352764	3.880169081	119.966055	4.446266347	23.96448499
2	192	189.3229167	302.8125	7.119791667	4.577342771	4.114513639	2.69497019	141.9865261	-17.02436052	9.691898578
3	26	203.5	415.2692308	7.961538462	2.76205324	1.980418419	1.214023896	121.8694358	67.77471444	6.530805298
4	363	268.785124	253.0936639	5.140495868	10.90861998	4.160568366	1.965434758	15.0702183	22.61900228	2.851319049

Travail annexe

Le projet de semestre a aussi permis la création d'un plugin réalisant une labellisation tridimensionnelle et une sélection d'objets en 3D basée sur leur volume.