Trajectographie de particules dans des séquences d'images issues de microscopie par fluorescence

Résumé

Ce projet de semestre avait pour but de réaliser une méthode semi-automatique de poursuite d'objets dans des séquences d'images obtenues par microscopie de fluorescence. A partir de cette séquence, une première visualisation des traces est effectuée grâce à une projection temporelle d'intensité maximum (Maximum Intensity Projection ou MIP). A l'aide d'un pointeur intelligent et de cette image nouvellement formée, l'utilisateur définit le départ et l'arrivée d'une trace. Un second algorithme, basé sur la programmation dynamique, permet ensuite de trouver la trace optimale permettant de relier ces deux points. Le résultat est ensuite affiché sous forme de trajectoire dont la nuance de couleur représente le temps. Le software a été implémenté en Java, en tant que plugin du software open-source ImageJ. Après validation sur des images de test, le plugin a été utilisé sur différentes séquences d'images, dont une migration de protéines et des quantum dots.

GUI Interface

Montage

Projection Trajectory