BIOMEDICAL IMAGING GROUP (BIG)
Laboratoire d'imagerie biomédicale (LIB)

Deconvolution 3D

F. Soulez, D. Sage

Proceedings of the Ninth Edition of the CNRS Thematic School, Functional Microscopy for Biology (MiFoBio'21), Presqu'île de Giens, French Republic, November 5-12, 2021, pp. 108-109

Le but de la déconvolution est de compenser numériquement le flou introduit par le microscope. En microscopie 3D, la déconvolution permet d'améliorer les images sur plusieurs points:

  • en améliorant la résolution (axiale en particulier),
  • en diminuant le bruit (en particulier à faible flux),
  • en améliorant le contraste.

Cela fait de la déconvolution un outil précieux pour améliorer les post traitements comme la segmentation.

Cet atelier propose de démystifier les méthodes de déconvolution et propose une prise en main des logiciels libres de deconvolution.

Il sera en 4 parties:

  • une brève description théorique,
  • les points importants pour une déconvolution réussie: conditions d'acquisition
  • comment avoir une bonne PSF
  • illustration des méthodes classiques avec le plugin DeconvolutionLab2 sur des données simulées et réelles
  • dans le cas où la PSF n'est pas connue nous guiderons les utilisateurs dans l'utilisation de plugins de déconvolution aveugle ou myope

@INPROCEEDINGS(http://bigwww.epfl.ch/publications/soulez2101.html,
AUTHOR="Soulez, F. and Sage, D.",
TITLE="Deconvolution 3D",
BOOKTITLE="Proceedings of the Ninth Edition of the {CNRS} Thematic
	School, Functional Microscopy for Biology ({MiFoBio'21})",
YEAR="2021",
editor="",
volume="",
series="",
pages="108--109",
address="Presqu'{\^{i}}le de Giens, French Republic",
month="November 7-12,",
organization="",
publisher="",
note="")
© 2021 . Personal use of this material is permitted. However, permission to reprint/republish this material for advertising or promotional purposes or for creating new collective works for resale or redistribution to servers or lists, or to reuse any copyrighted component of this work in other works must be obtained from . This material is presented to ensure timely dissemination of scholarly and technical work. Copyright and all rights therein are retained by authors or by other copyright holders. All persons copying this information are expected to adhere to the terms and constraints invoked by each author's copyright. In most cases, these works may not be reposted without the explicit permission of the copyright holder.