Dans le contexte de défense de l'organisme contre des cellules tumorales, on étudie le mécanisme de destruction de cellules cibles (tumorales) par des lymphocytes T spécialisées (NT-Killer). Celui-ci qui passe par une interaction entre plusieurs cellules via des protéines exprimées en leur membrane plasmatique (pourtour de la cellule). Le contact de ces cellules implique la formation d'un "cap" sur la ou les cellules que l'on détecter. Il s'agit donc de pouvoir isoler individuellement chaque cellule, de déterminer précisément son contour en 2D voire 3D et d'estimer le pourcentage de marquage qui se concentre au point d'interaction entre cellules. L'étudiant devra mettre en œuvre des algorithmes d'analyse d'image, tels que, la transformée de Hough, des contours actifs pour déterminer finement le profil sur le contour de chaque cellule. L'implémetation sera réaliser en Java pour ImageJ.

Collaboration: Claude Bonnard, ISREC, Lausanne